Adobe Premiere Pro を使って画面の隅に小窓を表示させてみました。
背景動画をタイムラインの「V1」に、埋め込み動画を「V2」にドラッグします。
「ウィンドウ」→「エフェクトコントロール」でエフェクトコントロールを開き、「位置」「スケール」「回転」等で埋め込み動画を調整します。
埋め込み動画をフェードイン、フェードアウトします。
(1) 「アニメーションのオン/オフ」(不透明度の左)をオン(青)にします。
(2) フェードイン開始時刻の不透明度を0%にします。
(3) フェードイン終了時刻の不透明度を100%にします。
(4) フェードアウト終了時刻の不透明度を0%にします。
(5) フェードアウト開始時刻の不透明度を100%にします。
修正したい場合は、一度アニメーションをオフにし、再度オンにします。